Исследование гнилостных бактерий. Статья

[Кузьмич]

Наткнулся тут на статью американских коллег.

статья

В машинном переводе корявенько, но читаемо.

Основные моменты: Ребята решили озаботиться изучением микрофлоры в гниющем трупе с использованием ДНК идентификации. Говорят, что те известные бактерии, которые участвуют в гниении трупа-это совсем не те. Вернее, только малая толика. Потому как их изучали и определяли путем посевов. А не каждая микрофлора захочет расти в чашке Петри. Им натур-продукт подавай. Оформив кучу разрешений, положили техасской осенью на лобное место они аж два трупа. Один, 62 года алкоголик и инфарктник, другой- чуть помоложе, умер от отравления угарным газом. Смотрели как трупы зеленеют и пухнут и периодически брали пробы из рта и попы. Причем, в попе оказалось бактерий больше, чем во рту 8(/> И размножались они там лучше :)/> В статье есть таблицы, графики как росли бактерии. Выводы в статье такие: в гниении участвуют не только бактерии, которых мы знаем, но и куча других. Их можно ДНК идентифицировать. И по их росту можно судить о давности смерти. Но для этого надо протушить еще много трупов, а потом уже можно что-то говорить о закономерностях.

[prostofil]

Это они с дисбактериозом не исследовали или нашего бомжа после технаря, фиг бы что у мерикосов выросло бы :shoot:/>

[genosys]

Просто еще одно приложение технологии секвенирования ДНК следующего поколения (NGS). Ее сейчас пихают во все места. С бактериями всё достаточно просто, за один раз можно установить видовой и количественный состав микробиоты в образце. В форензик приложения есть следующие:

1) Установление тканевого происхождения биол. следов. Выявлены специфичные бактериальные маркеры слюны, вагинального секрета и фекалий. Некоторые включены в мультиплексные ПЦР системы для идентификации тканей, которые применяются в реальных экспертизах, представляемых в суде, в частности в Новой Зеландии.

2) Есть работы по установлению географического и возможно этнического происхождения по анализу бактериального состава потожирового следа (отпечатка пальца). Есть еще очень масштабный проэкт по изучению микробиоты человеческого тела, в частности, выявлены бакт. сообщества характерные для разных участков кожного покрова. Т.е. в принципе есть возможность установить каким именно местом потожировой след был оставлен (лбом или :(/> ).

3) Изучение индивидуальных микробиот выявило их уникальность для каждого человека, т.е. профиль бакт. ДНК может быть использован для идентификации личности с той же эффективностью как отпечатки пальцев. Более того, есть группо-специфичные профили, т.е. можно по бактериям установить этническое происхождение.

 

Ну вот, что вспомнил, может что-то упустил. Ясен пень, что число переменных, влияющих на состав бактерий огромно, их еще изучать и изучать, но первые рез-ты как ни странно обнадеживают: оказывается специфичные индивидуальные и групповые сообщества бактерий не так-то легко вывести из гомеостаза, несмотря на перемену диеты, образа жизни и многие заболевания с приемом медикаментов.

Что касается данной статьи, то почему бы и нет. Энтомология достаточно широко используется для определения ДНС, может и бактериология полезной окажется, когда не два трупа, а две сотни изучат.

 

ЗЫ: анекдот с трупами, оставленными на лужайке вспомнил. Попалась как-то статья, что-то вроде "характерные повреждения трупов животных, причиняемые газонокосилкой", что за бред думаю, оказалось авторы заложили эксперимент по изучению разложения трупов. На специальной лужайке в высокой траве разместили свиные туши и стали ждать, когда они разлагаться начнут. Но как-то так вышло, что садовника предупредить забыли и он по этой лужайке газонокосилкой проехался. Пришлось им срочно название статьи менять :shoot:/>

[prostofil]

"технологии секвенирования ДНК следующего поколения (NGS). Ее сейчас пихают во все места." А может именно в этом великая сермяжная правда? Точно этническое, а не географическое, т.е у афроавстралопитека, родившегося во глубине сибирских руд профиль бактерий тот же, что и у его родной бабки, слезшей с дерева в малой Пизундии на реке Конго? Ой, не верую, что то генетики не то...., бабки просют...

[genosys]

"технологии секвенирования ДНК следующего поколения (NGS). Ее сейчас пихают во все места." А может именно в этом великая сермяжная правда? Точно этническое, а не географическое, т.е у афроавстралопитека, родившегося во глубине сибирских руд профиль бактерий тот же, что и у его родной бабки, слезшей с дерева в малой Пизундии на реке Конго? Ой, не верую, что то генетики не то...., бабки просют...

Совершенно не хочу этот подход защищать, есть более другие методы, куда как эффективнее, чем секвенирование бактерий. Но, есть наследуемые этнические различия в биохимии и физиологии, которые обуславливают определенный характерный состав бактерий. Так что вполне возможно, что микофлора некоего афророссиянина, выросшего в СФО, будет сильно отличаться от микрофлоры его соседей, но по ряду позиций напоминать микрофлору его конголезских родичей.

[prostofil]

Так что вполне возможно, что микофлора некоего афророссиянина, выросшего в СФО, будет сильно отличаться от микрофлоры его соседей, но по ряду позиций напоминать микрофлору его конголезских родичей.

Так возможно, или доказано, как говорят - таки большая разница.

[genosys]

Так возможно, или доказано, как говорят - таки большая разница.

Ну вот недавнее: Deep Sequencing Identifies Ethnicity-Specific Bacterial Signatures in the Oral Microbiome

[prostofil]

Спасибо, интекуресно. Не по профилю, но в лекции курвсантам вставлю облизательно :shoot:/> Блин, во дает лженаука. Падла Хрущев, как мы отстали :(/>

[genosys]

Однажды в лесу, близ швейцарского замка Невшатель темной-темной ночью люди в белых одеяниях разбросали трупы трех пристреленных свиней. Черные слухи поползли по городу...

 

В общем, примерно так начинался полевой эксперимент по установлению возможности определения ДНС по изменению видового состава почвенных простейших в условиях лиственного леса (Can soil testate amoebae be used for estimating the time since death? A field experiment in a deciduous forest).

Результаты оказались достаточно обещающими: оказалось, что через 20-30 дней из почвы под свиными трупами полностью исчезали раковинные амебы - простейшие, в обычных условиях очень многочисленные в почве березово-дубового леса (10⁶-10⁸ особей на кв. метр). Со временем, сообщество простейших восстанавливалось, однако, это процесс занимал более 10 месяцев (я так понял, далее наблюдения просто не велись). Авторы полагают, что анализ простейших может оказаться полезным для установления ДНС, особенно на больших интервалах (>4-6 недель), когда даже энтомологические методы становятся ненадежными.

 

 

 

http://files.mail.ru/14A0EDB19A6444F08ECF70D9CCE329E3

[Доктор Немо]

оказалось, что через 20-30 дней из почвы под свиными трупами полностью исчезали раковинные амебы - простейшие, в обычных условиях очень многочисленные в почве березово-дубового леса (10⁶-10⁸ особей на кв. метр). Со временем, сообщество простейших восстанавливалось, однако, это процесс занимал более 10 месяцев (я так понял, далее наблюдения просто не велись). Авторы полагают, что анализ простейших может оказаться полезным для установления ДНС, особенно на больших интервалах (>4-6 недель), когда даже энтомологические методы становятся ненадежными.

это все не шаманизм, а довольно достоверные данные

но, увы, мы (судебные медики) тут открываем велосипед

классическими биологами эти факты достаточно изучены, вопросы биоценоза они разрабатывают столетиями, в том числе и в таких случаях

[genosys]

классическими биологами эти факты достаточно изучены, вопросы биоценоза они разрабатывают столетиями, в том числе и в таких случаях

Авторы про это и пишут. Оказывается, этих амеб биологи много где используют в кач-ве индикаторов.

Ну дык, форензик сайнс вторична и есть, наверное как и многие другие прикладные науки.

[Vil]

Идея интересна. Но вот как ее в практику загнать? Да и наша ли это компетенция?

 

Очевидно мы можем только намекнуть следователю о заоблачных вершинах науки Швейцарии.

[genosys]

Идея интересна. Но вот как ее в практику загнать? Да и наша ли это компетенция?

 

Очевидно мы можем только намекнуть следователю о заоблачных вершинах науки Швейцарии.

Это компетенция почвоведов, благо у нас и кафедр соответствующих полно и целых факультетов. Для них определить видовой состав - рутинная задача, никакой заоблачной науки здесь нет :)/>

 

Кстати, наверно и генетикой можно задачу решить, почему бы и нет. Как бактерий анализируют по 16S rRNA, простейших можно по 18S идентифицировать.

Ну да, как раз так и делают: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23038176

Так что, давите на Павла Леонидовича, пускай запускает секвенирование сообществ, бактериальных и протистов ;)/>

[Vil]

Это компетенция почвоведов, благо у нас и кафедр соответствующих полно и целых факультетов. Для них определить видовой состав - рутинная задача, никакой заоблачной науки здесь нет

А кто будет интерпретировать результаты с приложением к давности захоронения?

 

Птостите за невежество: А кто есть Павел Леонидович?

[genosys]

А кто будет интерпретировать результаты с приложением к давности захоронения?

Честно говоря, я не в курсе как оно все в бСССР организовано. Энтомологические экспертизы ДНС как-то же проводятся?

 

Птостите за невежество: А кто есть Павел Леонидович?

Главный судебный генетик Всея РФ :)/>

[Vil]

Главный судебный генетик Всея РФ

, а периферия. Я участвую в естественно отборе в Ураине :)/>

 

 

Честно говоря, я не в курсе как оно все в бСССР организовано. Энтомологические экспертизы ДНС как-то же проводятся?

У нас на обум Лазаря и то, я даже таковых давно не встречал. Однако, будем иметь в виду. Спасибо за инфу.

[genosys]

Еще одно приложение исследования ДНК микрофлоры. На сей раз предлагают идентифицировать образцы почвы по видовому составу обитающих в ней бактерий, простейших, растений и пр., используя технологию ДНК секвенирования следующего поколения.

 

The environmental biological signature: NGS profiling for forensic comparison of soils

 

Abstract

The identification of the source of a specific soil sample is a crucial step in forensic investigations. Rapid advances in next generation sequencing (NGS) technology and the strong reduction of the cost of sequencing have recently opened new perspectives. In the present work a metabarcoding approach has been successfully applied to forensic and environmental soil samples, allowing the accurate and sensitive analysis of microflora (mfDNA), plants, metazoa, and protozoa DNA. The identification of the biological component by DNA metabarcoding is a strong element for the discrimination of samples geologically very similar but coming for distinct environments.

 

_{(если вдруг понадобится полный текст, стучитесь в личку)}